生态环境分区管控是以保障生态功能和改善环境质量为目标，实施分区域差异化精准管控的环境管理制度。通过明确生态保护红线、环境质量底线、资源利用上线等管理要求，为发展"明底线""画边框"。排污许可制是固定污染源监管制度体系的核心制度，是深入打好污染防治攻坚战、持续改善生态环境质量的有力抓手，是推进经济高质量发展的重要支撑，是生态环境部门依政执法主要依据。生态环境分区管控的发布与定期的动态更新为排污许可的核发夯实了基础，进一步强化了排污许可证的规范性和实用性。

切实推进选址选线的有效衔接。在生态环境分区管控清单发布之前，审批部门需要查阅大量资料确定企业选址相符性。生态环境分区管控清单的发布和更新明确了各类管控区及生态红线的分布和相关内容，一方面在环评阶段，为项目的选址选线提供了科学依据。另一方面在排污许可证核发阶段，为核发部门进一步了解项目选址具体情况，加快排污排污许可证核发速度奠定了坚实基础。

切实推进环境质量底线的有效衔接。生态环境分区管控清单通过对各管控单元环境现状的梳理，根据区域定位和企业分布确定了污染重点控制区，并明确了各管控单元的环境质量要求。而排污许可证在核发过程中通过控制污染物排放标准以及排放总量来确保区域环境质量得到有效控制，严格保障环境质量底线，如要求铅锌冶炼、钢铁、水泥等企业应执行特别排放限值标准，涉铊企业应执行湖南省涉铊地方标准等。以生态环境分区管控要求为依据，以排污许可证为抓手，二者相辅相成，切实推进环境质量底线的有效衔接。

切实推进管理要求的有效衔接。生态环境分区管控清单对各管控单元内水、气、土以及固体废弃物几个方面提出了非常细致的管控要求，对各管控单元后期的发展指导意义显著，排污许可证在核发过程，也要载明企业对水、气、土以及固体废物的管控要求，二者的管控方向和管控目标基本一致，核发部门将生态环境分区管控相关要求载明到排污许可证副本中，使得排污许可证的许可内容更加全面与合理，强化了排污许可证的实用性，进一步推进了管理要求的有效衔接。